mardi 5 août 2014

Une journée ordinaire

On envoie la drague à 145 m de profondeur, elle est très ventrue, mais la boue est trop compacte. Philippe prend les choses en main : il met quelques pelletées de boue dans un bac, puis le délaye au tuyau d’arrosage, on finit au tamis de plus en plus fin pour récupérer toutes les fractions et, après tri, les fractions, sont ensachées.
 
La drague © G Paulay-MNHN-PNI / expédition Guya     Philippe prend les choses en main © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
La récolte est assez maigre, pas mal de vers et un poisson très fin qui vit comme un ver  tubicole, planté dans le sédiment. Il sort juste la tête et pêche les petites proies qui passent.
Carla va le mettre au congélateur, pour lui conserver le plus possible l’aspect du vivant et enfin le mettre ensuite dans le formol.
Le poisson « ver » © G Paulay-MNHN-PNI / expédition Guyane
 Le guide câble a déraillé, 9h 26… nous voilà oisifs pour 2 bonnes heures comme dit Philippe je commence à comprendre qu’il faut savoir être patient.
 Il faut savoir être patient © G Paulay-MNHN-PNI / expédition Guyane
Début d’après- midi, le chalut est d’une richesse en biodiversité incroyable, a 200 m de profondeur. Philippe me dit qu’en fait les huitres trouvées agglomérées forment un récif sur le terrain meuble et abritent ainsi une très grande richesse faunistique, en particulier en crustacés et en poissons.


Des tas d’huitres © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane Les huitres © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane

la ruée vers la biodiversité !  © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Je trouve une galathée sacculinisée. La première !
Je demande à Philippe l’autorisation de détourner cette galathée pour la rapporter directement à un jeune doctorant qui fait sa thèse sur les sacculines, Philippe me rembarre vertement et je comprends là la rigueur de mise lors de la collecte : TOUT doit rentrer dans la collection du Museum car on veut un panorama complet, pour chaque chalut, de la faune de l’endroit ! La rigueur scientifique est derrière chaque geste, le plus anodin, quand on pêche !

Des Galathée  entre autres… © G Paulay-MNHN-PNI / expédition Guyane
Je  profite d’un moment de pause pour mieux faire connaissance avec Laure Corbari, la curatrice de la collection des crustacés, au MNHN  
Laure me dit qu’en fait,  sur le bateau, son travail est un travail de tri essentiellement et d’enrichissement de la collection et que ce sont les taxonomistes qui vont ensuite déterminer l’essentiel des nouvelles espèces et cela peut prendre jusqu’à 10 ans après une expédition !

Laure et Stéphane en plein tri © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Elle collecte de nombreux individus d’une même espèce, par exemple une galathée et tous les spécimens seront intégrés à la collection du muséum, la zoothèque. Pour illustrer la biodiversité intraspécifique?
  Les spécimens sont triés, groupe par groupe, les balanes à part pour ne pas écraser les autres spécimens, etc, mais il n’y a pas de reconnaissance d’effectuée, avec les crustacés, le traitement pour le bar code peut attendre, le but est d’augmenter la collection avec de nouveaux et beaux échantillons ou bien des individus qu’on ne connaît pas.

Contrairement aux  mollusques, On n’a pas besoin de préparer immédiatement pour le bar coding…ils sont plus stables.

Fin d’après- midi, le chalut ne ramasse quasiment que des oursins irréguliers!

Les oursins irréguliers © G Paulay-MNHN-PNI / expédition Guyane

Mais des mollusques  gastropodes intéressants sont ramassés, les xénophores, qui portent en effet des êtres vivants nombreux sur leur coquille comme ces petits coraux uniques (Non coloniaux)

Les xénophores © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
 Même si ces étrangers portés par les mollusques gastropodes (signification de xénophore, en grec) sont petits, il arrive parfois qu’on trouve des choses plus grosses sur les coquilles, comme des pièces de monnaie qu’on peut poser dessus et qui se retrouvent peu à peu englobées par la coquille du xénophore ! (dixit Philippe).

samedi 2 août 2014

Une tranche de vie

Sur le chalutier chacun prend ses marques :
en effet, si chacun se connaît pour les chercheurs français, les  deux autres Carla et Gustav sont nouveaux sur les expéditions de la planète revisitée et ces chercheurs n’ont pas nécessairement l’habitude de travailler ensemble. En revanche, ils ont tous une grande habitude de la vie et du travail sur le terrain, ce qui n’est pas mon cas. Tout le monde prend rapidement ses marques  et je dois m’adapter de la manière la plus fluide possible !

Rêveries à l'arrière du chalutier © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
La vie pour moi commence à s’organiser ainsi :
quand le chalut arrive je m’attelle au tamisage de l’ensemble du chalut, en compagnie de Todt, le patron de pêche guyanais et de Cyndie. On se relaie aux différents postes : remplir les tamis, tamiser, remplir les cuvettes de tri dont les chercheurs s’emparent avidement ! Et ensuite, repasser les bailles (les grandes bassines blanches) au tamis de plus en plus fin, jusqu’au  tamis à maille fine (5 ou deux millimètres, suivant les cas). C’est Philippe qui décide si les fractions sont à conserver. Au départ il est très directif pour m’apprendre les bons gestes et le bon regard, Surtout ! Puis, voyant que je commence à apprendre, il me laisse peu à peu pour cet acte, en autonomie, et Cyndie le rejoint dans l’équipe de tri (j’ai trouvé ma place dans l’équipe).  Je deviens peu à peu efficace comme les papous chargés de la même tâche, en Papouasie; mes frères de tamisage !

Philippe m’intronise, bon enfant, membre actif de la religion du tamisage, dont il est le pape !

Le protocole après rodage de l’équipe, d’une arrivée de chalut est le suivant :
 
L’arrivée du chalut © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane    le chalut sur le pont © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
On laisse l’équipe de marins poser le chalut sur le pont en suspension sans intervenir,
Le remplissage des bailles © C Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane
puis on met une ou plusieurs bailles (les grands bacs) dessous et on ouvre la fermeture du filet qui ressemble ainsi à un grand chinois rempli (pour les cuisiniers). On remplit les bailles.

Là MON travail commence ! je passe au tamis grossier, 1cm ce que Todt met dedans, à grands coups de pelle.
Le remplissage du tamis à la pelle © C Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane On fait sauter les patates ! © C Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane
L’idée est d’enlever le sédiment est les débris et toute la petite faune.. les bacs se remplissent, manipulés par Cyndie un à un, il faut secouer le tamis comme si on faisait sauter les patates !
Pendant ce temps, les scientifiques effectuent le tri. Les échinodermes d’un côté, les poissons d l’autre, etc…
Philippe, Laure et Stéphane trient © C Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane
Puis  avec Cyndie et Todt, on filtre de tamis en tamis, les bailles, jusqu’au tamis 2mm…
 
tamiser la boue© C Dupoux-MNHN-PNI / expédition GuyaneCyndie vérifie la propreté du fond de tamis© C Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane
Cette fraction est très souvent mise dans un seau pour décanter, la fraction légère, qui est évacuée de la lourde qui est conservée pour le tri au muséum. Chaque fraction, de tamis en tamis est vérifiée par Philippe qui nous demande parfois de recommencer

Philippe prend la décision © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
La dernière fraction n’est pas triée par les scientifiques sur place mais ensachée dans l’alcool,  et après séchage sera triée par les bénévoles de l’équipe de Philippe.
Pendant ce temps, les scientifiques se sont emparés de leur groupe de prédilection et les préparent et ensachent.
ensachage des échantillons © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
des éponges entrent en collection © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Pendant que le chalut pêche, c’est temps mort pour l’équipe une fois le tri effectué, sauf pour Carla et Gustav, les spécialistes des groupes des éponges et échinodermes, respectivement, qui commencent la détermination des taxons connus et la découverte de nouvelles espèces,
Carla et gustav au premier plan, Cyndie et Philippe dans le laboratoire humide en arrière plan © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Ainsi que pour Cyndie et Philippe pour qui le double travail de détermination des mollusques (très rapide grâce à la connaissance  gigantesque de Philippe ) et de préparation pour le barcoding prend du temps.
J’en profite pour commencer mes billets et poser plein de questions aux chercheurs qui patiemment, me répondent. J’essaie cependant de ne pas trop les gêner dans leur travail et leurs moments de décompression.
Chaque  chalut réserve son lot de découvertes, ça me rappelle les « surprises » de mon enfance lointaine, ces cônes de papier qu’on achetait chez l’épicier, 5 francs et qui contenaient bombons et petits cadeaux inédits. (Les bleues pour les garçons, les roses pour les filles…).
Chalut surprise © G Paulay-MNHN-PNI / expédition Guyane
 

vendredi 1 août 2014

DE L'ALCOOL, DE L'ALCOOL ENCORE DE L'ALCOOL

L'alcool, produit de consommation humain est un liquide précieux et incontournable sur toute expédition scientifique: en effet tout stockage correct des spécimens nécessite une immersion dans un alcool assez pur à au moins 70 %, comme me le signalait Laure Corbari Chercheuse au MNHN et Conservatrice des collections de crustacés qui est de quasiment toutes les expéditions de la planète revisitée, ces derniers temps!

 Conus geographus
Laure sous l’averse court chercher de l’alcool au bidon © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Stéphane Hourdez qui travaille à Roscoff comme responsable d'une équipe de 7 chercheurs et qui est spécialiste du taxon des vers marins récupère l'ensemble des vers des expéditions diverses, dont celles auxquelles il participe (A Dumont d’Urville en terres australes françaises, me disait-il d'un air gourmand!) à des fins d'identification et est très connaisseur en alcool de conservation. Il m'a dit que l'estomac humain est davantage tolérant au niveau des impuretés incluses dans l'alcool, teneur en acide acétique, et les plantes bizarres ou fruits que les hommes y ajoutent, pommes poires, scoubidous, génépi et autre verveines.... Point de ça pour la conservation: l'alcool doit être le plus pur possible et comme il en faut, me disait-il environ 200 litres par jour, c’est un vrai problème logistique! Chaque matin, sur le bateau, il prépare à partir des bidons d’alcool pur un mélange eau- alcool à 70%, le bidon de 25 litres est suffisant pour la consommation de la journée, pour le petit matériel, non ensaché et mis dans des tubes remplis d’alcool.
 Conus geographus
Gustav immerge un spécimen dans un tube rempli d’alcool © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane

 Conus geographus
Stéphane prépare l’alcool à 70 avec le densimètre © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
La plupart des spécimens, après photographie à sec ou bien dans l’eau comme ce poisson plat sont ensachés ensuite dans des sacs plastiques scellés à chaud avec la scelleuse.
 Conus geographus
le poisson plat attend la photographie © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane

 Conus geographus
Gustav photographie les spécimens © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
 Et comme la scelleuse et les sacs sur leurs dérouleurs sont dans le laboratoire humide, on franchit 100 fois par jour le seuil (élevé) de la porte du labo !
 Conus geographus
les sacs sur leur dérouleur © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
 Conus geographus
les sacs et les poissons passent à la scelleuse © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Et dument étiquetés, de manière codifiée.
 Conus geographus
les sacs scellés et étiquetés sont prêts à être percés © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Puis le sac, percé de nombreux trous est ensuite immergé dans les bidons bleus étanches, eux même remplis d’alcool (ou blanc et rouge pour les poissons plutôt conservés dans le formol, plus efficace en ce cas). Les petits tubes subissent le même sort et finissent eux aussi dans les bidons bleus.
 Conus geographus
les bidons remplis d’alcool et de formol © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane

mercredi 30 juillet 2014

Les présentations

Faisons connaissance avec mes compagnons de voyage. Cyndie, cette jeune femme souriante de 27 ans est gestionnaire de collection (invertébrés marins) au MNHN mais aussi une technicienne confirmée, capable d’effectuer avec rigueur, en conditions de terrain, souvent difficiles les gestes indispensables à la conservation et l’enrichissement des collectes, futurs apports aux collections. Elle a ces derniers temps effectué de nombreuses missions dans le cadre de la planète revisitée en particulier à Madang puis Kavieng, en Papouasie Nouvelle Guinée et y a effectué des tâches de préparation et de conditionnement des échantillons.
 Conus geographus
Cyndie Dupoux au premier soir © Cyndie Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane
Durant cette mission, outre le travail obligatoire de tri des échantillons auquel elle participe comme nous tous, elle prépare dans le laboratoire humide du Hermano Gines, notre chalutier, les spécimens prélevés pour rendre le barcoding possible, en rentrant au Muséum, à Paris.
 Conus geographus
Laboratoire humide du navire © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Tout comme Lee-Ann Galindo l'a fait pour le Leg 1, elles sont toutes les deux grandes utilisatrices du four à micro-ondes !
 Conus geographus
LE four à micro ondes dans le laboratoire humide © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
En effet, comme me l'a expliqué Lee Ann, qui a rédigé un article scientifique à ce sujet, en particulier pour les mollusques gastéropodes pour sortir les animaux de leur coquille le plus facilement sans les endommager, un petit passage au feu des ondes est nécessaire! De plus, il semble que ce procédé stabilise les individus en ce qui concerne la conservation de l'ADN avant leur mise en alcool. Pourquoi et comment? Le mystère reste entier, en effet l’article co-signé par Lee Ann et Philippe Bouchet ne se prononce pas sur le sujet. Un sujet de recherche à venir, peut être….

l'article en question

Cyndie va aussi prélever des tissus des spécimens qu’elle va mettre dans des micro tubes, dans de l’alcool, pour le barcode, toujours.

 Conus geographus
Un vrac de mollusque (cône et bivalves) prêt à être traité pour entrer dans les collections © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane

Cette façon de procéder échantillonnage des spécimens récoltés, puis prélèvement de tissus ou mise en alcool de l’animal complet, semble aujourd’hui nécessaire, pour le groupe des mollusques car il faut bien lever les doutes pour la détermination des espèces ! Deux individus morphologiquement identiques peuvent néanmoins appartenir à deux espèces différentes et d’autres, très différents morphologiquement peuvent appartenir au même taxon. Compte-tenu de l’énorme diversité taxonomique du groupe des mollusques cette pratique est indispensable !

mardi 29 juillet 2014

Le premier billet de JC

Premier billet de JC (Jean-Claude Vasseur, Jeune professeur de SVT explorateur pendant ses vacances, académie de Versailles).
JC a participé pour la première fois à une expédition scientifique et il vous propose ses commentaires de terrain sous forme de différents billets.
JC, notre professeur de SVT reporter explorateur © Cyndie Dupoux-MNHN-PNI / expédition Guyane
 A l'aéroport d’Orly ouest, on arrive tôt, 8 heures du matin! Tôt quand on est comme moi un prof en « vacances » ! Normal pour ces chercheurs qui sont aussi de vrais aventuriers auxquels 40 heures de voyage pour rejoindre un hot spot de la biodiversité ne leur fait pas peur (Papouasie Nouvelle Guinée).
Aéroport de Cayenne © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
 Là c’est beaucoup plus relax! « Juste » 9 heures d’avion et aucune escale jusqu'à Cayenne, notre destination, où Alice Leblond (responsable logistique de l’expédition) nous attend. Je retrouve Cyndie Dupoux gestionnaire de collection (invertébrés marins) au MNHN que j'ai déjà rencontrée dans son labo.
Cyndie Dupoux au tamisage © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
 Mais aussi je fait connaissance avec Stéphane Hourdez, un homme aux allures de baroudeur et à la carrure sportive, qui est chercheur et chef d’une équipe à la station de biologie marine de Roscoff. Il est chercheur en écophysiologie dans l’Équipe Écophysiologie Adaptation et Évolution Moléculaires (CNRS - UPMC - INSU).
Stéphane Hourdez à l'aéroport © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
Nous attendons un certain temps dans la salle d'embarquement, mais le temps passe agréablement car on en profite pour faire un peu connaissance... Stéphane m'explique la difficulté ,qui semble récurrente pour un chef d'équipe à gérer les aspects administratifs, indispensable au fonctionnement et en particulier la « pêche » au budget; Il me dit quand même, bon an mal an arriver à dégager le temps nécessaire pour effectuer deux missions de terrain et en particulier celle qui a lieu à Dumont D’Urville, la base antarctique qui prend à elle toute seule deux mois. Il me raconte aussi la difficulté et l'inconfort, sur le vieux navire austral qui assure le transit, « l'Astrolabe » surnommé parfois par les chercheurs le «Gastrolabe»! Cela donne une idée de l'instabilité de ce navire qui traverse les 40 ème et 50 ème rugissants et du mal de mer qui en découle pour ses infortunés passagers.... J’espère que cela sera différent pour nous sur le Hermano Gines! Le chalutier Vénézuélien de recherche, affrété pour l'occasion. Stéphane me rassure en me disant que j'ai bien des « chances » d’être atteint, comme la plupart par le mal de mer. Cool !
Cyndie se prend pour un mérou © JC Vasseur-MNHN-PNI / expédition Guyane
En fait il y a des trucs, que tout baroudeur scientifique ou pas, sait: éviter les les 4 F (Froid, Faim, Fatigue, Foif. Et si tout ça ne marche pas, chacun y va de sa petite molécule active qu'on se procure en France ou à l'étranger. Cyndie ajoute à cette panoplie une touche de fantaisie avec des lunettes à positionner par-dessus ses yeux....ou ses lunettes de vue et qui lui confère un look étrange, quelque part entre un poisson des grands fonds et un clown à lunettes (pas le poisson!) mais elle nous assure que cela fonctionne! On va bien voir, dans trois heures, maintenant, le compte à rebours est commencé, on va embarquer. Il y a, en plus, de grandes chances que nous commencions le travail dès notre arrivée car le Leg1 a été amputé de plusieurs jours pour des questions logistiques. Les chercheurs sont impatients et enthousiastes! Moi juste inquiet, pour l'instant: mais dans quelle galère de professionnels ultra compétents me suis-je embarqué? Merci Thierry (correspondant pédagogique permanent) !